根据问题，我们把讨论的对象限定于“现代汉语普通话”，主要讨论普通话中的语音现象。当然，对于一些概念的解释说明可能还需要方言示例。接下来分条作答。尤其是第一条，是个很有趣的问题。
1.语流音变与范畴感知
变调是属于语流音变的一种情况，语流音变分为不自由的（音变条件出现，音变现象必然产生）和自由的（音变条件出现，音变现象不一定产生）。那为什么会发生语流音变呢？
我们用语言进行交际的时候，总是一个音紧接着一个音说的，各个发音连续不断，形成了长短不等的一段段语流。语流内的一连串音紧密连接，发音部位和发音方法不断改变，难免互相影响，产生变化，这就是“语流音变”。
像题主所说的“水果”这两个上声字，属于连读变调，而且在普通话中是不自由的连读变调，一般来说，它的音变条件是两个上声连读。
如果题主感觉不到，或许有四种可能：
第一，普通话不标准，受方言影响，使不自由音变成为了自由音变；
第二，下意识强调，读出全上，比如有些留学生就有这种习惯；
第三（普通话考试）普通话中的语音现象，你了解多少？，语速、语调（语调会使声调的调域产生变化，而每个人的调域都不一样）问题，使得变化不明显；
第四：感觉问题现代汉语重叠，有明显变化，而题主的听感出了错误。
以上这些原因，是可以通过实验语音学的方法印证的。过多纠结在这里，并没有太多意义，录音进行语图分析即可验证。例如，北京话正常语速大约1秒4个字，每个字250毫秒左右。如果将速度提高到200毫秒/字左右，就会出现一些正常速度下不存在的音变现象。
而且现代汉语重叠，我们还要考虑声调的范畴感知边界。简单说，一个上升的调子只有在上升到一定幅度的情况下才会被听成阳平，如果升幅小于某个临界线，自然就不会认为是阳平。有些语言的不同平调之间就没有范畴边界，例如泰语的不同平调之间和粤方言（广州话）的不同平调之间都没有感知上的分界线。（但若依谢郴伟，石锋，温宝莹的研究，此处可能存在争议）
2.共时音变与历时音变
前面说过现代汉语重叠，变调仅是语流音变的一种情况，语流音变还包括元音、辅音等方面的变化。比如同化、异化、脱落、强化、弱化、替换等。像罗常培、岑麒祥等老先生就把变调归到语音异化里。语流音变一般都有较强的规律性，但这种规律性一般只适用于特定的语言和特定的时代。
共时性的语流音变，前边我们提到，在交际的环境下，在一定的语速下，普通话的音节与音节之间就产生了连续音变。比如变调；再比如语气词“啊”[a]前边的音节以[i]收尾，“啊”变成了“呀”[ia]——这个例子比较浅显，像元音、辅音在语流的同化、异化现象非常多，而且不只限定于声调语言。
语流音变虽然是共时的，但是有可能成为语言历时性音变的原因。像古代汉语舌根音声母[k]、 [k'] 、[x]，能和齐齿呼韵母配合，现代闽粤一代的方言就还有这种关系，如“基”、“欺”、“希”，厦门话读成[ki]、[k'i]、[hi]。但在普通话里，读成鸡，七，夕。
这是因为舌根音字母受到原因[i]影响，发生了逆同化现象，使得发音部位前移，读成了舌面音——几百年前的共时语流音变，结果就成为现代普通话里齐齿呼和撮口呼韵母前变为j，q，x（此处为拼音）的历时音变。
用其他例子看历时音变可能更明显，像拉丁语（大理石）到了法语变成了（第二音节的m被异化成了b），到了英语变成了（前后两个r发生异化作用），这就是历时音变。
3.调值与调类
调值和音高有关系。我们常用的55，35，214，51的这种标法，是赵元任先生的五度标记法，标的是相对音高。简单点说，张三他发最低音和最高音是一个有限的范围。所谓五度标记法标的调值呢，就是大体上把张三这个人嗓子的发声范围分成5份，然后他读字，究竟在嗓子内高到啥程度（声带紧张程度）。
比如高到顶了，那就是5，低到底了，那就是1。你读个“波”，发现嗓子是一直高的，好吧，那就是55；你读个“是”，从最高到最低了，那就51；读个“请”，半高不高还拐弯，那就标个214……这是调值。
然而每个人嗓子都不一样，有的人高，有的人低。我们可以把很多人的嗓子都分成5份，来看这些人读字时，嗓子有多高。李四一读，还是55，51，214啥的；王五一读，也一样，赵六再读……得了，大家读这个字调值都一样（实际上是有差异的），把相同的调值归个类吧。55这一类叫阴平，35这一类叫阳平……这是调类。
每个人的绝对音高和调域都不一样，但是我们有进行抽象对比的能力，在做语音学的一些调查、实验时，我们往往要把测量出的绝对音高通过公式转化成相对音高（五度标记），再进行归纳对比，这叫“归一化”。
简单说，调值与音高有关，调类与音高的曲折走势有关。比如说，汉语的阴平是55，而泰语的一声是33，虽然调值（相对音高）不一样，但是走势是一样的，都是平的，所以归类起来都算是平调。声调，曲调，降调的分类大体上也是如此。
至于楼主说的出现变调情况，调值变了，调类是否改变，这个问题并不是根据调值的单一标准来判断的。赵元任先生就探讨过这个问题，他把声调处理成一种音位，考虑声调音位的经济性以及声调音位和词素之间的平衡性问题。
语言中调值的分布情况往往错综复杂，需要通盘考虑各种调值在语言里出现的条件和情况，才能归纳出符合语言实际情况的调类。比如在语流音变中（普通话考试）普通话中的语音现象，你了解多少？，上声[214]后面紧跟其他音节时，可能读成[21]或者[35]。要是完全依照调值来归类，那就得把[214][21][35]分为三个调类，[35]的调值就得和另一个读成[35]的调类合并在一起，这就容易弄乱调类关系。失去了归纳调类的实际意义。
4.关于标调
并不排除书籍编得不严谨的情况。理论上，针对不同的使用环境与情况，应该有不同的标准。比如，《现代汉语词典》（商务印书馆，2002年增补本）示例为”本词典一般不注变调“，但是一部分重叠词语，比如”热腾腾“就是按实际读法标的。这是事先给予了条件限制。
又比如，黄、廖版的《现代汉语教学与自学参考（增订五版）》中，无论是使用拼音，还是国际音标，所进行注音，统一是不标变调的，而且有的还在材料下给出了说明。相关情况还可以参考普通话测试纲要一类的书籍或文章。
有一种情况，是要标出实际声调的，有变调必须标，就是在做田野考察，收集语音材料的时候，做记音需要标实际声调。
主要参考资料
[1]林焘，王理嘉.语音学教程（增订版）[M].北京：北京大学出版社，2013
[2]赵元任.语言问题[M].北京：商务印书馆，1980
[3]黄伯荣，廖序东.现代汉语（增订六版）[M].北京：高等教育出版社，2017
[4]谢郴伟，石锋，温宝莹.广州话平调的感知[J]. 清华大学学报（自然科学版），2017， 57(3)： 299-305