作为战国法家集大成者，韩非子之死的主谋，一直被认为是李斯。至于原因，则是李斯嫉妒韩非子的才华，担心自己在秦始皇面前失宠，于是毒杀了韩非子。
《史记·韩非列传》记载：秦始皇读了韩非子作品后，感慨地说“寡人得见此人与之游，死不恨矣”，之后李斯姚贾诋毁，导致秦始皇将韩非子关进监狱，“李斯使人遗非药，使自杀。韩非欲自陈，不得见。秦王后悔之，使人赦之，非已死矣。”
司马迁寥寥几句话，就说清楚了韩非子之死的前因后果，李斯姚贾陷害，阻止韩非子见秦王，让人读之必然认为李斯因嫉生恨，于是杀了韩非子！然而事实并非如此，司马迁编辑手段高明，还在《韩非列传》中隐而不谈一些历史，导致李斯蒙受千古奇冤，而真凶则另有其人。
在司马迁的描述中，李斯嫉妒秦始皇重视韩非子，担心他得到重用，于是陷害并毒杀了韩非子。由于在沙丘之变中李斯为了保住相位，不惜与赵国合谋，篡改诏书不让扶苏继位韩非子集，而让胡亥继位，于是李斯嫉妒韩非子似乎就更顺理成章了。
然而，如果李斯担心秦始皇重用韩非子，而导致他失宠的话，为何不阻碍韩非子入秦？事实上，种种迹象表明李斯推动了韩非子入秦面见秦始皇！
李斯是师兄，韩非子是师弟，两人师傅是荀子，但韩非子才华横溢，他的到来让“斯自以为不如”，因此李斯早就知道自己才华不如韩非子。毕业之后，李斯去了秦国，开始施展所学知识，一步步走上高位。然而，韩非子一直不被韩王重用，只能靠写作抒发愤懑心情，写下了《孤愤》《五蠹》等经典篇章。
《孤愤》《五蠹》传入秦国，秦始皇读后与之产生强烈共鸣，于是说出“嗟乎，寡人得见此人与之游，死不恨矣！”李斯在一旁回答说“此韩非之所著书也。”韩非子走进秦始皇的眼里是因为《孤愤》《五蠹》，而这两篇文章能够传入秦国，并非常巧合地让秦始皇读到，显然是李斯在背后推动。
公元前235年，秦国攻打韩国，一直得不到重用的韩非子，这一次却被韩王任命为出秦使者，任务是弱秦保韩。但滑稽的是，使者往往要能说会道，有雄辩之才，但韩非子“为人口吃，不能道说，而善著书”。让一个“不能道说”的结巴之人作为使者，估计古今独一无二吧，那么会是谁推动韩非子成为使者的呢？
除此之外，在以口舌称道的战国时代，韩非子口吃是一个致命弱点，意味着他很难得到重用；即便秦始皇不在意韩非子的口吃韩非子集，但李斯是一个为官多年的政治家，执行力非常强，而韩非子没有从政经验，只是一个政治思想家.......既然如此，李斯何必嫉妒韩非子，担心韩非子影响他的地位？
此上种种表明，韩非子之所以入秦，进入秦始皇的视野，应该是李斯在推动，目的自然不是因为嫉妒，于是“将韩非子骗到秦国、然后陷害毒杀”这么低级趣味，而是希望韩非子投奔秦国，成为李斯的政治盟友，如此师兄弟互为奥援，联手建立一番功业。
韩非子入秦之后，在秦国的这一段历史，司马迁在《韩非列传》中隐藏了一些事迹，而《战国策·四国为一》却有较为详细的记载，由此揭开了韩非子之死的真相。
首先看一看史记记载，整个过程是韩非子入秦后，“秦王悦之，未信用。李斯、姚贾害之，毁之曰.....秦王以为然，下吏治非。李斯使人遗非药，使自杀。韩非欲自陈，不得见。秦王后悔之，使人赦之，非已死矣”，只有区区数十个字，但编辑得非常高明，将李斯的恶毒形象勾勒了出来。然而，《战国策·四国为一》却讲述了韩非子入秦之后的一些“作死”行为。
秦始皇见到韩非子时，起初抱有很大的期望，犹如见到偶像一般激动，但韩非子却上书《存韩》，劝说秦始皇不要灭亡韩国，给了秦始皇当头浇了一盆冷水，也与李斯献给秦始皇的计策相悖。在秦始皇与李斯的统一战略中，第一个灭亡的是韩国，因为当时韩国在战国七雄中最弱、又临近秦国。韩非子上书《存韩》，相当于告诉秦始皇“你错了”，需要修改战略计划，这种情况下秦始皇对他的第一印象可想而知。
没过多久，韩非子又挑起了事端，想要除掉姚贾以弱秦保韩，于是在秦始皇面前指责姚贾“以王之权，国之宜，外自交于诸侯”，意思是姚贾拿国家的金钱私交诸侯韩非子集，韩非子这是在挑拨离间君臣关系。接着，韩非子又进行人身攻击，说姚贾是“世监门子（世代看管城门监门卒的后代），梁之大盗，赵之逐臣”，认为重用姚贾这种人不利于朝廷稳定。
所谓姚贾，当时是秦国上卿，主管各国邦交，他经常出使六国，目的是为了拆散六国合纵，实施远交近攻的战略，从秦国当时情况来看，姚贾工作做的不错。面对韩非子的指责，秦始皇让姚贾做出回答，而姚贾对答如流，一一驳斥了韩非子的指责。
需要注意的是，韩非子入秦的第一身份是使者，但《战国策·四国为一》显示韩非子参与秦国战略讨论，应该已经投奔了秦国，成了秦始皇的臣子。
对于姚贾而言秦始皇面前失宠，毒杀了韩非子，竟是他，韩非子诬陷他，让问题变得非常严重，因为一旦回答得不好，秦始皇很有可能杀了他，或让他丢官，因此他有足够的理由对韩非子下狠手。司马迁说姚贾“害之，毁之曰”，但从韩非子的所作所为来看，司马迁说姚贾“陷害诋毁”无疑很不妥当。
更重要的是，秦始皇一生中经历过很多背叛：父亲离开赵国没有带他一起走，让他差点就死在了赵国；母亲赵姬背叛，与嫪毐发动了嫪毐之乱；曾经非常信任的吕不韦，牵连到很多事情中，也背叛了秦始皇......可以说秦始皇内心已经麻木，没有真正可以信任的人。因此，姚贾对韩非子的反击必须干净利落，不能留有余地，由此来证明自己的清白，否则反而可能引起秦始皇的猜疑。
于是，姚贾指出明主不能受到欺骗，忠臣不能受到诽谤，建议诛杀韩非子。当被曾经非常欣赏的韩非子一再欺诈，秦始皇内心失望与愤怒就可想而知了，随后说“然”，进而“乃可复使姚贾而诛韩非”。
《战国策》中没有说李斯毒杀韩非子，也没有提到秦始皇后悔之类，而是说秦始皇指使姚贾杀了韩非子，因此杀害韩非子的直接凶手是姚贾，但真正的凶手是秦始皇。
问题在于，对于韩非子之死，《史记》与《战国策》谁的记载更可信呢？其实，从正常常理上来说，《战国策》的记载无疑更可信，《史记》反而更像有一定真实度的传闻。
比如《史记》中的“秦王后悔之，使人赦之，非已死矣”，就像影视剧中的“生死就差五分钟”一样，秦始皇早不反悔晚不反悔，偏偏大概在李斯毒杀了韩非子时反悔；同时，李斯毒杀韩非子是一件大事，难道不该先向秦始皇报告一下吗？可见，这一句记载怎么看都像小说，而不是历史。
当然，史记也有一些记载真实的，只是司马迁编辑得非常高明。根据《韩非子·初见秦》记载，韩非子在狱中时，李斯可能与他有过见面，并劝说他再写文章以打动秦始皇，试图挽救韩非子，因此文章中韩非子说“臣昧死愿望见大王”，但韩非子给出的政治路线却是“以成霸王之名，朝四邻诸侯之道”，而秦始皇希望的大一统之道，不是什么“霸王之名”。由于韩非子与秦始皇政治理念上存在重大分歧，所以史记中说“韩非欲自陈，不得见”，秦始皇不愿再见与他理念差别太大、且一再欺骗他的韩非子了，而这一句话放在《史记》中却会让人认为是李斯阻碍韩非子见秦始皇。
其实，司马迁在《史记太史公自序》中早已说得非常清楚：“太史公仍父子相续纂，网罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事秦始皇面前失宠，毒杀了韩非子，竟是他，以拾遗补，成一家之言”。或许，韩非子之死就是司马迁网罗到的“天下放失旧闻”，至于真不真只是“一家之言”罢了。
结合《战国策》与《史记》来看，韩非子之死的真相是：李斯引韩非子入秦，本义是举荐韩非子，希望师兄弟联手；韩非子与秦始皇战略相悖，并离间姚贾与秦始皇之后，不仅引起姚贾强烈反击，而且也让秦始皇不满；韩非子被下狱后，李斯给他创造了一次机会，但韩非子没能打动秦始皇，最终见到事情无法挽回，李斯就给韩非子留了一个全尸。
参考资料：《史记》、《战国策》